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一種軟件集成方法和系統.pdf

摘要
申請專利號:

CN201510580323.7

申請日:

2015.09.11

公開號:

CN105068821A

公開日:

2015.11.18

當前法律狀態:

實審

有效性:

審中

法律詳情: 實質審查的生效IPC(主分類):G06F 9/44申請日:20150911|||公開
IPC分類號: G06F9/44 主分類號: G06F9/44
申請人: 浪潮(北京)電子信息產業有限公司
發明人: 金蓮
地址: 100085北京市海淀區上地信息路2號2-1號C棟1層
優先權:
專利代理機構: 北京安信方達知識產權代理有限公司11262 代理人: 解婷婷; 曲鵬
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法律狀態
申請(專利)號:

CN201510580323.7

授權公告號:

|||

法律狀態公告日:

2015.12.16|||2015.11.18

法律狀態類型:

實質審查的生效|||公開

摘要

本發明公開了一種軟件集成方法和系統,包括:將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值的多個生物信息軟件分別構建成deb格式的安裝包。將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,并將集成后的預確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。通過本發明的方案,能夠簡化反復安裝軟件的工作,極大減輕生物信息從業人員軟件維護的工作量。

權利要求書

1.一種軟件集成方法,其特征在于,所述方法包括:
將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值的多個生物信息軟件
分別構建成deb格式的安裝包;
將所述deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,并將集成后
的所述預確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。
2.如權利要求1所述的軟件集成方法,其特征在于,所述方法還包括:
在將所述deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中之前,確定
所述操作系統的基礎版,基于所述基礎版的操作系統對所述多個生物信息軟
件進行安裝配置。
3.如權利要求1所述的軟件集成方法,其特征在于,所述預確定的操作
系統為ubuntu操作系統。
4.如權利要求1所述的軟件集成方法,其特征在于,所述生物信息軟件
包括以下軟件中的一種或多種:列比對軟件、序列拼接軟件、基因預測軟件、
注釋分析軟件和表達水平分析軟件。
5.如權利要求1所述的軟件集成方法,其特征在于,所述多個生物信息
軟件為100個。
6.一種軟件集成系統,其特征在于,所述系統包括:構建模塊和集成模
塊;
所述構建模塊,用于將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值
的多個生物信息軟件分別構建成deb格式的安裝包;
所述集成模塊,用于將所述deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作
系統中,并將集成后的所述預確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。
7.如權利要求6所述的軟件集成系統,其特征在于,所述系統還包括:
配置模塊;
所述配置模塊,用于在將所述deb格式的安裝包分別集成到預確定的操
作系統中之前,確定所述操作系統的基礎版,基于所述基礎版的操作系統對
所述多個生物信息軟件進行安裝配置。
8.如權利要求6所述的軟件集成系統,其特征在于,所述預確定的操作
系統為ubuntu操作系統。
9.如權利要求6所述的軟件集成系統,其特征在于,所述生物信息軟件
包括以下軟件中的一種或多種:列比對軟件、序列拼接軟件、基因預測軟件、
注釋分析軟件和表達水平分析軟件。
10.如權利要求6所述的軟件集成系統,其特征在于,所述多個生物信
息軟件為100個。

說明書

一種軟件集成方法和系統

技術領域

本發明涉及生物信息領域,尤其涉及一種軟件集成方法和系統。

背景技術

生物信息學是生命科學中采集,處理,存儲,傳播,分析和解釋數據等
的一門學科,隨著生命科學和計算機科學的迅猛發展,生命科學和計算機科
學相結合形成的一門新學科。它通過綜合利用生物學,計算機科學和信息技
術而揭示大量而復雜的生物數據所賦有的生物學奧秘。一般的生物信息學的
分析用到的軟件上百余種,因此涉及到生物信息方面的研究必須要首先進行
軟件的部署,以往都要系統管理員或是自行進行百余種軟件的安裝實施,花
費近一周甚至更長的時間才能完成軟件的安裝,極大的影響了工作進度,

發明內容

為了解決上述問題,本發明提出了一種軟件集成方法和系統,能夠簡化
反復安裝軟件的工作,極大減輕生物信息從業人員軟件維護的工作量。

為了達到上述目的,本發明提出了一種軟件集成方法,該方法包括:

將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值的多個生物信息軟件
分別構建成deb格式的安裝包。

將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,并將集成后的預
確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。

優選地,該方法還包括:

在將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中之前,確定操作
系統的基礎版,基于該基礎版的操作系統對多個生物信息軟件進行安裝配置。

優選地,預確定的操作系統為ubuntu操作系統。

優選地,生物信息軟件包括以下軟件中的一種或多種:列比對軟件、序
列拼接軟件、基因預測軟件、注釋分析軟件和表達水平分析軟件。

優選地,多個生物信息軟件為100個。

為了達到上述目的,本發明還提出了一種軟件集成系統,該系統包括:
構建模塊和集成模塊。

構建模塊,用于將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值的多
個生物信息軟件分別構建成deb格式的安裝包。

集成模塊,用于將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,
并將集成后的預確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。

優選地,該系統還包括:配置模塊。

配置模塊,用于在將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中
之前,確定操作系統的基礎版,基于該基礎版的操作系統對多個生物信息軟
件進行安裝配置。

優選地,預確定的操作系統為ubuntu操作系統。

優選地,生物信息軟件包括以下軟件中的一種或多種:列比對軟件、序
列拼接軟件、基因預測軟件、注釋分析軟件和表達水平分析軟件。

優選地,多個生物信息軟件為100個。

與現有技術相比,本發明包括:將預先獲得的使用頻率大于或等于預設
的頻率閾值的多個生物信息軟件分別構建成deb格式的安裝包。將deb格式
的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,并將集成后的預確定的操作系統
作為專用的生物信息操作系統。通過本發明的方案,能夠簡化反復安裝軟件
的工作,極大減輕生物信息從業人員軟件維護的工作量。

附圖說明

下面對本發明實施例中的附圖進行說明,實施例中的附圖是用于對本發
明的進一步理解,與說明書一起用于解釋本發明,并不構成對本發明保護范
圍的限制。

圖1為本發明的軟件集成方法流程圖;

圖2為本發明實施例的100個生物信息軟件列表示意圖;

圖3為本發明的軟件集成系統組成框圖。

具體實施方式

為了便于本領域技術人員的理解,下面結合附圖對本發明作進一步的描
述,并不能用來限制本發明的保護范圍。

在生物信息領域,之前沒有一種操作系統涵蓋針對生物信息分析的應用,
基本都是基礎的操作系統,需要人為逐個安裝需要的應用軟件,操作繁瑣,
耗費較長的時間。本發明實現了基礎操作系統和常用生物信息軟件的整合,
大大縮減了軟件部署的時間,方便用戶的操作和使用。

本發明的目的是設計一套適合生物信息分析的操作系統,將一百種軟件
制作成deb包集成進ubuntu系統中,形成專用的生物信息操作系統,將我將
其稱為Bionix系統。

本發明的構思時這樣的:先確定常用生物信息軟件列表,軟件按照功能
進行分類;然后去確定基礎操作系統;再將100種軟件逐個制作成deb包;
將deb包集成到ubuntu系統中。

具體地,為了達到上述目的,本發明提出了一種軟件集成方法,如圖1
所示,該方法包括:

S101、將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值的多個生物信
息軟件分別構建成deb格式的安裝包。

在本發明實施例中,我們需要預先確定常用的生物信息軟件的列表,這
里,我們可以通過用戶調研,查閱相關文獻等方法先確定使用頻率大于或等
于預設的頻率閾值的多個生物信息軟件,這個預設的頻率閾值可以根據具體
情況自行定義,對具體數值不做限制。

優選地,生物信息軟件包括以下軟件中的一種或多種:列比對軟件、序
列拼接軟件、基因預測軟件、注釋分析軟件和表達水平分析軟件。

在本發明實施例中,對于生物軟件的選取可以涉及生物信息領域中的列
比對軟件、序列拼接軟件、基因預測軟件、注釋分析軟件和表達水平分析軟
件等各個方向的應用軟件,對軟件的選取范圍不做任何限制,屬于生物信息
領域的應用軟件均可。

優選地,多個生物信息軟件為100個。

在本發明實施例中,根據調查結果,我們選取了100個常用的生物信息
軟件,并將該100個生物信息軟件組成列表,這里,具體選取的100個生物
信息軟件如圖2中的軟件列表所示。需要說明的是,100這個數目以及該100
個生物信息軟件的名稱僅是本發明的一個具體實施例,在其他實施例中我們
還可以根據具體使用場景對軟件的數目進行自定義,還可以對選取的軟件進
行自定義,并不僅限于上述實施例中的內容。

S102、將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,并將集成
后的預確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。

優選地,預確定的操作系統為ubuntu操作系統。

在本發明實施例中,在對常用的生物信息軟件進行選取并形成列表之后,
最重要的工作就是確認或是選擇基礎操作系統,將選取的這些生物信息軟件
集成到一個的操作系統中,這里,我們選擇ubuntu操作系統,它是一塊開源
的Linux操作系統,我們可以在其上根據需要以及喜好進行二次開發。

優選地,該方法還包括:

在將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中之前,確定操作
系統的基礎版,基于該基礎版的操作系統對多個生物信息軟件進行安裝配置。

在本發明實施例中,我們確定了基礎操作系統,并根據各個生物信息軟
件對該基礎操作系統進行了安裝配置之后,需要我們將各個生物信息軟件安
裝到該基礎操作系統中,這里,我們預先將各個生物信息軟件制作成deb格
式的安裝包,deb格式是Debian系統(包含Debian和Ubuntu)專屬安裝包格式,
配合APT軟件管理系統,成為了當前在Linux下非常流行的一種安裝包。deb
包在Linux操作系統中類似于windows中的軟件包(exe),幾乎不需要什么復
雜的編譯即可通過鼠標點擊安裝使用。deb格式的安裝包的創建、編輯和制
作可以采用dpkg來進行,"dpkg"是"DebianPackager"的簡寫。為"Debian"專
門開發的套件管理系統,方便軟件的安裝、更新及移除。所有源自"Debian"
的"Linux"發行版都使用"dpkg",例如"Ubuntu"、"Knoppix"等。Dpkg的具
體用法在此不再贅述,可以參考ubuntu的官方網站。

在本發明實施例中,最后我們需要將deb格式的安裝包分別集成到預確
定的操作系統中,并將集成后的預確定的操作系統作為專用的生物信息操作
系統,我們將其命名為Bionix。

本發明方案適用于生物信息領域,涵蓋常用的生物信息軟件有100種,
能夠滿足大多數生物信息工作的需求;將這些軟件集成到基礎的操作系統中,
形成專用的生物信息操作系統。可以簡化反復安裝軟件的工作,極大減輕生
物信息從業人員軟件維護的工作量。

為了達到上述目的,本發明還提出了一種軟件集成系統01,如圖3所示,
該系統包括:構建模塊02和集成模塊03。

構建模塊02,用于將預先獲得的使用頻率大于或等于預設的頻率閾值的
多個生物信息軟件分別構建成deb格式的安裝包。

集成模塊03,用于將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,
并將集成后的預確定的操作系統作為專用的生物信息操作系統。

優選地,該系統還包括:配置模塊04。

配置模塊04,用于在將deb格式的安裝包分別集成到預確定的操作系統
中之前,確定操作系統的基礎版,基于該基礎版的操作系統對多個生物信息
軟件進行安裝配置。

優選地,預確定的操作系統為ubuntu操作系統。

優選地,生物信息軟件包括以下軟件中的一種或多種:列比對軟件、序
列拼接軟件、基因預測軟件、注釋分析軟件和表達水平分析軟件。

優選地,多個生物信息軟件為100個。

與現有技術相比,本發明包括:將預先獲得的使用頻率大于或等于預設
的頻率閾值的多個生物信息軟件分別構建成deb格式的安裝包。將deb格式
的安裝包分別集成到預確定的操作系統中,并將集成后的預確定的操作系統
作為專用的生物信息操作系統。通過本發明的方案,能夠簡化反復安裝軟件
的工作,極大減輕生物信息從業人員軟件維護的工作量。

需要說明的是,以上所述的實施例僅是為了便于本領域的技術人員理解
而已,并不用于限制本發明的保護范圍,在不脫離本發明的發明構思的前提
下,本領域技術人員對本發明所做出的任何顯而易見的替換和改進等均在本
發明的保護范圍之內。

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一種 軟件 集成 方法 系統
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