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基于SHREC3D和轉換參數優化的染色體3D結構建模方法.pdf

關 鍵 詞:
基于 SHREC3D 轉換 參數 優化 染色體 結構 建模 方法
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摘要
申請專利號:

CN201510542519.7

申請日:

2015.08.28

公開號:

CN105205345A

公開日:

2015.12.30

當前法律狀態:

駁回

有效性:

無權

法律詳情: 發明專利申請公布后的駁回 IPC(主分類):G06F 19/12申請公布日:20151230|||實質審查的生效IPC(主分類):G06F 19/12申請日:20150828|||公開
IPC分類號: G06F19/12(2011.01)I; G06F19/18(2011.01)I 主分類號: G06F19/12
申請人: 北京工業大學
發明人: 李建更; 張衛; 李曉丹; 張巖
地址: 100124 北京市朝陽區平樂園100號
優先權:
專利代理機構: 北京思海天達知識產權代理有限公司 11203 代理人: 沈波
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法律狀態
申請(專利)號:

CN201510542519.7

授權公告號:

||||||

法律狀態公告日:

2019.02.12|||2016.01.27|||2015.12.30

法律狀態類型:

發明專利申請公布后的駁回|||實質審查的生效|||公開

摘要

基于ShRec3D和轉換參數優化的染色體3D結構建模方法,將基因片段之間的交互頻率轉換為空間距離,進一步構建基因組的三維空間結構。該方法,首先通過黃金分割算法尋找最優的轉換參數,將兩個染色體片段之間的交互作用頻率,轉化為兩個片段之間的空間距離;進而應用最短距離算法構建基因組的空間距離圖譜,最后用MDS算法得到三維空間中各個基因片段的相對坐標圖,對染色體的三維空間結構可視化。并用均方根誤差RMSD和Spearman相關系數度量構建的染色體結構的相似性。本發明對不同分辨率下的Hi-C數據集,能尋找最優的轉換參數,提高了ShRec3D算法的準確性和魯棒性,可用于染色體3D結構的建模。

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本文標題:基于SHREC3D和轉換參數優化的染色體3D結構建模方法.pdf
鏈接地址:http://www.wwszu.club/p-6405670.html
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