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腸易激綜合征和炎性腸病的診斷和治療.pdf

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腸易激 綜合征 炎性腸病 診斷 治療
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摘要
申請專利號:

CN201480055994.5

申請日:

20141009

公開號:

CN105744956A

公開日:

20160706

當前法律狀態:

有效性:

審查中

法律詳情:
IPC分類號: A61K39/40,G01N33/00,G01N33/554,A01N37/18 主分類號: A61K39/40,G01N33/00,G01N33/554,A01N37/18
申請人: 西達-賽奈醫療中心
發明人: 馬克·皮門特爾,克里斯托弗·尚
地址: 美國加利福尼亞州
優先權: 61/888,658
專利代理機構: 北京信慧永光知識產權代理有限責任公司 代理人: 董世豪;張淑珍
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法律狀態
申請(專利)號:

CN201480055994.5

授權公告號:

法律狀態公告日:

法律狀態類型:

摘要

本發明描述了基于受試者的抗黏著斑蛋白抗體和抗CdtB抗體的水平來診斷、篩查和治療腸易激綜合征(IBS)的方法、測定試劑盒和系統。可以使用本文所描述的方法、測定試劑盒和系統將IBS與炎性腸病(IBD)區分開。

權利要求書

1.一種診斷IBS、并任選地篩選用于IBS的治療或任選地給予IBS療法的方法,所述方法包括:提供來自期望進行關于IBS的診斷的受試者的生物樣本;測定所述生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗所述黏著斑蛋白抗體的水平與所述抗CDT抗體的水平之間的差值;以及當所述抗黏著斑蛋白抗體的水平高于所述抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS。2.一種區分IBS與IBD、并任選地篩選用于IBS的治療或任選地給予IBS療法的方法,所述方法包括:提供來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者的生物樣本;測定所述生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;以及當所述抗黏著斑蛋白抗體的水平高于所述抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS,或者確定所述抗黏著斑蛋白抗體的水平與所述抗CDT抗體的水平之間的差值。3.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,測定所述生物樣本包括:使黏著斑蛋白或其片段與所述生物樣本接觸;使CdtB或其片段與所述生物樣本接觸,其中,所述抗黏著斑蛋白抗體和/或所述抗CdtB抗體特異性地結合至所述生物樣本中的所述黏著斑蛋白或其片段和/或所述CdtB或其片段;以及測量所述生物樣本中的所述抗黏著斑蛋白抗體的水平和所述抗CdtB抗體的水平。4.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,如果所述抗黏著斑蛋白抗體的水平比所述抗CDT抗體的水平更高25%以上,則確定所述受試者患有IBS。5.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,利用光密度(OD)測量所述抗黏著斑蛋白抗體的水平和所述抗CDT抗體的水平,并且當所述抗黏著斑蛋白抗體的OD(OD)與所述抗CDT抗體的OD(OD)之間的差值大于0時,確定所述受試者患有IBS。6.根據權利要求5所述的方法,其中,當OD-OD大于0.2時,確定所述受試者患有IBS。7.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗黏著斑蛋白抗體是特異性地結合至黏著斑蛋白的抗體。8.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗黏著斑蛋白抗體是如下抗體,所述抗體特異性地結合至5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽,所述肽與黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。9.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗黏著斑蛋白抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。10.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗CDT抗體特異性地結合至CDT的CdtB亞基。11.根據權利要求10所述的方法,其中,所述CdtB的氨基酸序列是空腸彎曲桿菌細胞致死性膨脹毒素B(SEQIDNO:5)。12.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗CDT抗體特異性地結合至如下氨基酸序列,所述氨基酸序列與SEQIDNO:5具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性。13.根據權利要求10所述的方法,其中,所述CdtB的氨基酸序列是大腸彎曲桿菌細胞致死性膨脹毒素B(SEQIDNO:1)。14.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗CDT抗體特異性地結合至如下氨基酸序列,所述氨基酸序列與SEQIDNO:1具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性。15.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,其中,所述抗CDT抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。16.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,所述方法進一步包括:如果確定所述受試者患有IBS,篩選用于所述受試者的IBS治療。17.根據權利要求1-2中任一項所述的方法,所述方法進一步包括:如果確定所述受試者患有IBS,向所述受試者給予IBS療法。18.一種用于診斷IBS的系統,所述系統包含:分離的生物樣本,所述生物樣本來自期望進行關于IBS的診斷的受試者;以及一種或多種測定試劑盒,所述測定試劑盒用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平以診斷IBS。19.一種用于區分IBS與IBD的系統,所述系統包含:分離的生物樣本,所述生物樣本來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者;以及一種或多種測定試劑盒,所述測定試劑盒用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平以區分IBS與IBD。20.根據權利要求18-19中任一項所述的系統,所述系統進一步包含機器,當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,所述機器用于確定存在IBS。21.根據權利要求18-20中任一項所述的系統,所述系統進一步包含輸出或顯示元件,所述輸出或顯示元件用于示出所述患者是否患有IBS、和/或用于示出所述抗黏著斑蛋白抗體的水平是否高于所述抗CDT抗體的水平。

說明書

技術領域

本發明涉及腸易激綜合征的診斷和治療。

背景技術

下面的描述包括對于理解本發明可能有用的信息。這并不是承認本文提供的任何信息都是現有技術或者與要求保護的發明相關,或者任何明確或隱含地引用的出版物都是現有技術。

腸易激綜合征(IBS)的診斷是基于患者的主述癥狀的排除診斷或診斷。進一步地,當患者出現胃腸道癥狀時,區分腸易激綜合征(IBS)與其他類型的胃腸道疾患(諸如炎性腸病(IBD),例如潰瘍性結腸炎、克羅恩病)可能就困難、或者可能需要侵入性程序來排除IBD。當前在本領域中,還沒有診斷IBS或區分IBS與其它的腸道功能障礙失調的手段。慣例通常需要侵入性測試,該測試具有固有的風險、花費很大并且會使得患者發病。

因此,本領域仍然需要特別是以更少侵入性的方式診斷IBS及區分IBS與IBD的方法和系統。

發明內容

結合組合物和方法對以下實施方式及其方面進行描述和說明,其意在示例和說明,而并不對范圍進行限定。

多個實施方式提供了診斷IBS、并任選地篩選用于IBS的治療或任選地給予IBS療法的方法,所述方法包括提供來自期望進行關于IBS的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值;以及當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS。

多個實施方式提供了區分IBS與IBD、并任選地篩選用于IBS的治療或任選地給予IBS療法的方法,所述方法包括:提供來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;以及當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS,或者確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值。

在多個實施方式中,測定生物樣本可包括:使黏著斑蛋白或其片段與生物樣本接觸;使CdtB或其片段與生物樣本接觸,其中,抗黏著斑蛋白抗體和/或抗CdtB抗體特異性地結合至生物樣本中的黏著斑蛋白或其片段和/或CdtB或其片段;以及測量生物樣本中的抗黏著斑蛋白抗體和抗CdtB抗體的水平。

在多個實施方式中,如果抗黏著斑蛋白抗體的水平比抗CDT抗體的水平更高25%以上,則可以確定受試者患有IBS。

在多個實施方式中,利用光密度(OD)測量抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,并且當抗黏著斑蛋白抗體的OD(ODV)與抗CDT抗體的OD(ODCDT)之間的差值大于0時,可以確定受試者患有IBS。

在多個實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.2時,可以確定受試者患有IBS。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體可以是特異性地結合至黏著斑蛋白的抗體。在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體可以是如下抗體,所述抗體特異性地結合至5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽,所述肽與黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體可以如下抗體,所述抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在多個實施方式中,抗CDT抗體可以是特異性地結合至CDT的CdtB亞基的抗體。

在多個實施方式中,CdtB的氨基酸序列可以是空腸彎曲桿菌(Campylobacterjejuni)細胞致死性膨脹毒素B(SEQIDNO:5)。

在多個實施方式中,抗CDT抗體可以是特異性地結合至如下氨基酸序列的抗體,所述氨基酸序列與SEQIDNO:5具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性。

根據權利要求10所述的方法,其中,CdtB的氨基酸序列是大腸彎曲桿菌(Campylobactercoli)細胞致死性膨脹毒素B(SEQIDNO:1)。在多個實施方式中,抗CDT抗體可以是特異性地結合至如下氨基酸序列的抗體,所述氨基酸序列與SEQIDNO:1具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性。

在多個實施方式中,抗CDT抗體可以是如下抗體,所述抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在多個實施方式中,所述方法可進一步包括:如果確定受試者患有IBS,篩選用于所述受試者的IBS治療。

在多個實施方式中,所述方法可進一步包括:如果確定受試者患有IBS,向所述受試者給予IBS療法。

多個實施方式提供了用于診斷IBS的系統,所述系統包含:分離的生物樣本,所述生物樣本來自期望進行關于IBS的診斷的受試者;以及一種或多種測定試劑盒,所述測定試劑盒用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平以診斷IBS。

多個實施方式提供了用于區分IBS與IBD的系統,所述系統包含:分離的生物樣本,所述生物樣本來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者;以及一種或多種測定試劑盒,所述測定試劑盒用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平以區分IBS與IBD。

在多個實施方式中,所述系統可進一步包含機器,當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,所述機器用于確定存在IBS。

在多個實施方式中,所述系統可進一步包含輸出或顯示元件,所述輸出或顯示元件用于示出患者是否患有IBS、和/或用于示出抗黏著斑蛋白抗體的水平是否高于抗CDT抗體的水平。

本發明的其它特征和優勢將根據結合附圖進行的以下詳細描述而變得顯而易見,所述附圖通過示例的方式說明本發明的實施方式的各種特征。

附圖說明

參照附圖對示例性的實施方式進行說明。本文公開的實施方式和附圖意圖被視為說明性的、而非限制性的。

圖1描繪了本發明多個實施方式所述的抗黏著斑蛋白抗體的光密度(ODV)和抗CDTB抗體的光密度(ODCDTB)。

圖2描繪了本發明多個實施方式所述的抗黏著斑蛋白抗體的光密度(ODV)與抗CDTB抗體的光密度(ODCDTB)之間的差值。

具體實施方式

本文中引用的所有參考文獻都以引用的方式整體并入本文進行充分闡述。除非另外定義,否則本文使用的科技術語具有與本發明所屬領域中的普通技術人員通常所理解的相同的含義。Singleton等,DictionaryofMicrobiologyandMolecularBiology,第3版修訂,J.Wiley&Sons(紐約,NY2006);以及Sambrook和Russel,MolecularCloning:ALaboratoryManual,第4版,ColdSpringHarborLaboratoryPress(ColdSpringHarbor,NY2012),為本領域技術人員提供了本申請中使用的許多術語的通用指導。關于如何制備抗體的參考文獻,參見D.Lane,Antibodies:ALaboratoryManual,第2版,(ColdSpringHarborPress,ColdSpringHarborNY,2013);Kohler和Milstein,(1976)Eur.J.Immunol.6:511;Queen等,美國專利號5,585,089;以及Riechmann等,Nature332:323(1988);美國專利號4,946,778;Bird,Science242:423-42(1988);Huston等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA85:5879-5883(1988);Ward等,Nature334:544-54(1989);TomlinsonI.和HolligerP.(2000)MethodsEnzymol,326,461-479;HolligerP.(2005)Nat.Biotechnol.Sep;23(9):1126-36)。

本領域技術人員將認識到可用于本發明的實踐中、與本文描述的方法和材料類似或等同的許多方法和材料。實際上,本發明并不限于所描述的方法和材料。

如本文使用的“抗體(antibody或antibodies)”包括多克隆抗體、單克隆抗體、抗體變體諸如單鏈(重組)Fv、人抗體、人源化抗體、嵌合抗體、以及抗體的免疫活性片段。

如本文使用的“特異性地結合”是指抗體結合至其抗原的行為,并意在排除可能發生在隨機蛋白之間的低水平的非特異性結合。由于抗體可與包含相關表位的任何蛋白質發生交叉反應,如本文使用的“特異性地結合”并不意指且并不暗示抗體將不會結合至除本文公開的蛋白質或多肽以外的任何蛋白質。

如本文使用的“嚴重的腸易激綜合征”是指轉診或已經轉診至三級護理中心、IBS專家或胃腸動力專家(motilityspecialist)的受試者中的腸易激綜合征(IBS)。

本發明人已確定,CdtB似乎并非簡單地通過直接毒性起作用,而是通過針對CdtB的抗體與宿主蛋白(黏著斑蛋白)的交叉反應起作用。黏著斑蛋白是117kDa的細胞質肌動蛋白結合蛋白,其是黏著斑和黏附連接的關鍵成分,介導整合素或鈣粘蛋白分別與肌動蛋白細胞骨架之間的聯接。

基于在動物模型中的病理生理觀察,本發明人認為暴露于CdtB引起基于分子模擬的針對黏著斑蛋白的自身免疫。如本文所描述的,對檢測這些事件作為用于人的IBS的測試的效果進行了評價。

本文的研究表明,當抗黏著斑蛋白抗體多于抗CdtB抗體時,這高度指示IBS,并且將IBS與IBD區分開。雖然不希望受任何具體理論的束縛,但是本發明人認為當抗黏著斑蛋白抗體多于抗CdtB抗體時,這也指示了患者經歷的IBS的嚴重程度。在本文描述的研究中的IBS患者出現在三級護理中心,這強烈地暗示了病癥的嚴重程度。除非其病癥嚴重,患者通常不會被轉診至三級護理中心或在三級護理中心尋求治療。他們通常自行治療或由他們的初級保健醫師治療。進一步地,對一些IBS療法而言,這些患者極有可能很難醫治,從而通常被準予轉診至三級護理中心。

診斷

本發明的多個實施方式提供了診斷IBS以及區分IBS與IBD的方法、測定試劑盒和系統。

方法

本發明的多個實施方式提供了診斷IBS的方法,所述方法包括:提供來自期望進行關于IBS的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值,以及當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS。

本發明的多個實施方式提供了區分IBS與IBD的方法,所述方法包括:提供來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值;以及當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS。

在多個實施方式中,所述測定方法包括:將如本文所討論的黏著斑蛋白或其片段及如本文所描述的CdtB或其片段加入到來自期望進行關于IBS的確定的受試者的生物樣本,其中,抗黏著斑蛋白和/或抗CdtB抗體(如果存在于生物樣本中)特異性地結合至生物樣本中的黏著斑蛋白或其片段和/或CdtB或其片段;測量生物樣本中的抗黏著斑蛋白抗體和抗CdtB抗體的水平;以及如果抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CdtB抗體的水平,則鑒定受試者患有IBS。在多個實施方式中,所述測定方法可以是兩種單獨的測定方法,一種檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平,且一種用來檢測抗CdtB抗體的水平。在多個實施方式中,所述測定方法可以是檢測抗黏著斑蛋白和抗CdtB抗體的單一測定方法。

在多個實施方式中,如果抗黏著斑蛋白抗體的水平比抗CDT抗體的水平更高1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、125%、150%、175%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%、600%、700%、800%、900%、或1000%或更多,則確定受試者患有IBS。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體的水平大于抗CDT抗體的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的百分率可以如本文所描述。在一些實施方案中,可以通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的百分率。

在一些實施方式中,利用光密度(OD)測量抗黏著斑蛋白抗體和抗CDT抗體的水平。因而,當抗黏著斑蛋白抗體的OD(ODV)與抗CDT抗體的OD(ODCDT)之間的差值大于0時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6時,確定受試者患有IBS。在一些實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.2時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,ODV-ODCDT的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值可以如本文所描述。在一些實施方式中,可通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值。

在多個實施方式中,在約4℃下于加濕箱中,用約100μl/孔的以約1.2μg/ml處于pH約為8.2的BBS中的抗原(黏著斑蛋白或CdtB)將96孔板包被過夜或>16小時。用各樣本并用單獨的BBS對另外的孔進行包被,以確定歸因于血清的非特異性背景,將該背景從抗原包被的孔中扣除。用約250μl/孔的0.05%PBS-T將孔洗滌約3次。在室溫下于加濕箱中,用約200μl/孔的處于PBS中的約3%BSA將孔封閉約1小時。使用處于PBS中的約3%BSA將血清稀釋成1:16稀釋液。加入約100μl/孔的血清;并在室溫下于加濕箱中孵育約1小時。用約250μl/孔的0.05%PBS-T將孔洗滌約3次。加入約100μl/孔的以處于PBS中的約3%BSA稀釋的綴合至HRP的約1:10,000的二抗。在室溫下于加濕箱中孵育1小時。用約250μl/孔的約0.05%PBS-T將孔洗滌約6次。加入100μl/孔的TMB底物溶液(1-StepUltraTMB-ELISASubstrate,Pierce,34028)。使用吸光度方案在酶標儀(例如,BioTekSynergyHT)上于約370nm處即時讀板;并且讓板顯色約90分鐘(測定在60分鐘左右達到平臺期)。

在多個實施方式中,IBS可以為C-IBS、D-IBS、A-IBS(也稱為M-IBS)。在多個實施方式中,IBS是嚴重的IBS。在多個實施方式中,IBS是嚴重的C-IBS、嚴重的D-IBS或嚴重的A-IBS。

在多個實施方式中,抗CDT抗體是抗CdtB抗體。

在多個實施方式中,測定試劑盒包含如本文所討論的黏著斑蛋白或其片段及如本文所討論的CdtB或其片段作為抗原,用于檢測抗黏著斑蛋白抗體和抗CdtB抗體。

系統

本發明的多個實施方式提供了用于診斷IBS的系統,所述系統包含:分離的生物樣本,所述生物樣本來自期望進行關于IBS的診斷的受試者;以及一種或多種測定試劑盒,所述測定試劑盒用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平及抗CDT抗體的水平以診斷IBS。

本發明的多個實施方式提供了用于區分IBS與IBD的系統,所述系統包含:分離的生物樣本,所述生物樣本來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者;以及一種或多種測定試劑盒,所述測定試劑盒用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平以區分IBS與IBD。

在多個實施方式中,這些系統進一步包含機器,當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,所述機器用于確定存在IBS。

在多個實施方式中,系統包含輸出或顯示元件,所述輸出或顯示元件用于示出患者是否患有IBS、和/或用于示出抗黏著斑蛋白抗體的水平是否高于抗CDT抗體的水平。

在多個實施方式中,如果抗黏著斑蛋白抗體的水平比抗CDT抗體的水平更高1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、125%、150%、175%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%、600%、700%、800%、900%、或1000%或更多,則系統確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體的水平大于抗CDT抗體的水平的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的百分率可以如本文所描述。在一些實施方式中,可以通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的百分率。

在一些實施方式中,利用光密度(OD)測量抗黏著斑蛋白抗體和抗CDT抗體的水平。因而,當抗黏著斑蛋白抗體的OD(ODV)與抗CDT抗體的OD(ODCDT)之間的差值大于0時,系統確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6時,系統確定受試者患有IBS。在一些實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.2時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,ODV-ODCDT的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值可以如本文所描述。在一些實施方式中,可通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值。

在多個實施方式中,IBS可以為C-IBS、D-IBS、A-IBS(也稱為M-IBS)。在多個實施方式中,IBS是嚴重的IBS。在多個實施方式中,IBS是嚴重的C-IBS、嚴重的D-IBS或嚴重的A-IBS。

在多個實施方式中,抗CDT抗體是抗CdtB抗體。

在多個實施方式中,測定試劑盒包含如本文所討論的黏著斑蛋白或其片段及如本文所討論的CdtB或其片段作為抗原,用于檢測抗黏著斑蛋白抗體和抗CdtB抗體。

非人機器/計算機實施系統和方法

本發明的多個實施方式提供了非臨時性計算機可讀介質,所述介質包含用于執行如本文所描述的本發明方法的指令。

在一些實施方式中,本發明方法實施計算機程序,例如用于比較抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平。例如,非臨時性計算機程序可用來運行本文所描述的算法。

根據生物信息學和/或計算機領域的技術人員所掌握的知識,許多類型的計算機系統可用來實施本發明的分析方法。

在此類計算機系統的操作期間,可將數種軟件組件加載到內存中。軟件組件可以包括本領域的標準軟件組件和專門用于本發明的軟件組件。也可以在數學軟件包中對本發明的方法進行編程或建模,所述數學軟件包允許公式的符號輸入和高水平處理規范,包括待使用的特定算法,從而使得用戶無需在程序上對各公式和算法編程。此類軟件包包括例如,來自Mathworks(Natick,Mass.)的Matlab、來自WolframResearch(Champaign,Ill.)的Mathematica或來自MathSoft(Seattle,Wash.)的S-Plus。在一些實施方式中,計算機包含用于存儲抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平的數據庫。如適用,此類存儲的配置文件可被訪問并且可用來對樣本中的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平與已知對照水平進行比較。

除了本文描述的示例性程序結構和計算機系統之外,其它替代的程序結構和計算機系統對于本領域技術人員而言是顯而易見的。此類替代系統在精神或范圍方面都沒有偏離上面描述的計算機系統和程序結構,因此意圖被理解為在所附的權利要求書的范圍內。

一旦實驗室技術員或實驗室專家或者成組的實驗室技術員或實驗室專家確定抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,相同或不同的實驗室技術員或實驗室專家(或組)就可以分析一種或多種測定方法,以確定抗黏著斑蛋白抗體的水平是否高于抗CDT抗體的水平,或者確定ODV-ODCDT是否高于0.0、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6,然后確定受試者患有IBS或嚴重的IBS。

在多個實施方式中,本文提供了非臨時性計算機可讀存儲介質,所述介質包含:存儲數據模塊,所述存儲數據模塊含有來自樣本的數據,所述數據包含抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;檢測模塊,所述檢測模塊用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;比較模塊,所述比較模塊對存儲在存儲數據模塊上的數據與參照數據和/或對照數據進行比較,或者所述比較模塊用于比較抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平并提供比較內容;以及輸出模塊,所述輸出模塊向用戶示出比較內容,其中,當抗黏著斑蛋白抗體的水平大于抗CDT抗體的水平時,或者當ODV-ODCDT大于0.0、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6時,示出受試者患有IBS的指征。

在多個實施方式中,對照數據包括來自未患IBS的患者的數據。在多個實施方式中,對照數據包括來自未患IBD的患者的數據。在多個實施方式中,對照數據包括來自患有IBS的患者的數據。在多個實施方式中,對照數據包括來自患有IBD的患者的數據。

本發明的實施方式可以通過功能模塊進行描述,所述功能模塊由記錄在非臨時性計算機可讀介質上的計算機可執行指令定義,并且在執行時使計算機運行方法步驟。為了清楚起見,將模塊按照功能進行劃分。然而,應該理解模塊/系統不必對應于離散的(discreet)代碼塊,并且所描述的功能可以通過運行存儲在多種介質上并且在不同時間運行的多個代碼部分來實現。此外,應該理解所述模塊可以執行其它功能,因此所述模塊不限于具有任何特定的功能或者功能集。

非臨時性計算機可讀存儲介質可以是可被計算機訪問的任何可獲得的有形介質。計算機可讀存儲介質包括易失性和非易失性的、可移動的和非可移動的有形介質,該有形介質以用于信息存儲的任何方法或技術(諸如計算機可讀指令、數據結構、程序模塊或其它數據)來執行。計算機可讀存儲介質包括但不限于RAM(隨機存取存儲器)、ROM(只讀存儲器)、EPROM(可擦可編程只讀存儲器)、EEPROM(電可擦可編程只讀存儲器)、閃存或其它存儲技術、CD-ROM(光盤只讀存儲器)、DVD(數字多功能光盤)或其它光存儲介質、磁帶盒、磁帶、磁盤存儲介質或其它磁存儲介質、其它類型的易失性和非易失性存儲器、以及任何其它可用于存儲期望信息并可被計算機訪問的有形介質、以及上述的任何合適組合。

在一種或多種非臨時性計算機可讀介質上體現的計算機可讀數據可以定義指令,例如作為一個或多個程序的一部分,所述指令(作為由計算機執行的結果)指示計算機執行一個或多個如本發明描述的功能和/或不同的實施方式、變型和它們的組合。此類指令可以用多種編程語言的任一種編寫,例如Java、J#、VisualBasic、C、C#、C++、Fortran、Pascal、Eiffel、Basic、COBOL匯編語言等、或者它們的多種組合中的任一種。體現此類指令的計算機可讀介質可駐存在系統或本文描述的計算機可讀存儲介質的一個或多個組件中,可分布于一個或多個此類組件。

計算機可讀介質是可運送的,使得存儲在其上的指令可以加載到任何計算機資源上,以實施本文所討論的本發明的方面。此外,應該理解以上描述的存儲在計算機可讀介質上的指令不限于體現為在主機上運行的應用程序的一部分的指令。更確切地說,所述指令可以體現為任何類型的計算機代碼(例如,軟件或微代碼),所述計算機代碼可用于對計算機編程以實施本發明的方面。計算機可執行指令可以用合適的計算機語言或者多種語言的組合進行編寫。基本的計算生物學方法是本領域普通技術人員已知的,并且例如在下述文獻中描述:Setubal和Meidanis等,IntroductiontoComputationalBiologyMethods(PWSPublishingCompany,Boston,1997);Salzberg,Searles,Kasif,(著),ComputationalMethodsinMolecularBiology,(Elsevier,Amsterdam,1998);Rashidi和Buehler,BioinformaticsBasics:ApplicationinBiologicalScienceandMedicine(CRCPress,London,2000)以及Ouelette和BzevanisBioinformatics:APracticalGuideforAnalysisofGeneandProteins(Wiley&SonsInc.,第二版,2001)。

本發明一些實施方式的功能模塊包括例如測量模塊、存儲模塊、比較模塊和輸出模塊。功能模塊可以在一個或多個計算機上執行,或者可通過使用一個或多個計算機網絡執行。測量模塊具有計算機可執行指令,以提供例如計算機可讀形式的表達信息。

測量模塊可包含用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平或抗CDT抗體的水平的任何系統。

在確定系統中確定的信息可被存儲模塊讀取。如本文使用的“存儲模塊”意在包括任何合適的計算或處理設備或者其它經配置或改造用于存儲數據或信息的裝置。適合用于本發明的電子設備的實例包括獨立的計算設備、數據通信網絡(包括局域網(LAN)、廣域網(WAN)、因特網(Internet)、內聯網(Intranet)、外聯網(Extranet))以及本地和分布式計算機處理系統。存儲模塊還包括但不限于:磁存儲介質,諸如軟盤、硬盤存儲介質、閃存驅動器、磁帶;光存儲介質,諸如CD-ROM、DVD;電存儲介質,諸如RAM、ROM、EPROM、EEPROM等;普通硬盤和這些類別的混合體,諸如磁/光存儲介質。所述存儲模塊被改造或配置成在其上記錄抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平的信息。此類信息能夠以如下的數字化形式提供,所述數字化形式可以例如通過因特網、在閃存驅動器上、通過USB(通用串行總線)或者通過任何其它合適的通信模式進行電子傳輸和讀取。

如本文使用的“存儲”是指用于在存儲模塊上編碼信息的過程。本領域技術人員可以容易地采用任何目前已知的用于在已知介質上記錄信息的方法,以生成包含抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平的信息的制造品。

在一個實施方式中,待被比較模塊讀取的儲存在存儲模塊中的參照數據是例如來自未患IBS的患者的數據、來自未患IBD的患者的數據、來自患有IBS的患者的數據和/或來自患有IBD的患者的數據。

“比較模塊”可使用多種可用于比較操作的軟件程序和格式進行比較,以比較在測量模塊中確定的結合數據與參照樣本和/或存儲的參照數據。在一個實施方式中,將比較模塊配置為使用模式識別技術將來自一個或多個入口的信息與一個或多個參照數據模式進行比較。比較模塊可利用現有的市售或免費的用于比較模式的軟件來配置,并且可針對所施行的特定數據比較進行優化。比較模塊提供與例如抗黏著斑蛋白抗體的水平和/或抗CDT抗體的水平相關的計算機可讀信息。

本發明的比較模塊或任何其它模塊可包括操作系統(例如,UNIX),關系數據庫管理系統、萬維網應用程序和萬維網服務器在所述操作系統上運行。萬維網應用程序包括生成數據庫語言語句(例如,結構化查詢語言(SQL)語句)所必需的可執行代碼。一般而言,可執行代碼包括嵌入式SQL語句。另外,萬維網應用程序可包括配置文件,所述配置文件含有指向多種軟件實體的指針和地址,所述軟件實體包含服務器以及為服務于用戶請求而必須訪問的多種外部和內部數據庫。配置文件也可以將對服務器資源的請求指向至適當的硬件--如果需要,服務器應當分布于兩臺以上的單獨的計算機。在一個實施方式中,萬維網服務器支持TCP/IP協議。諸如這樣的局域網有時稱為“內聯網”。此類內聯網的優點是它們允許與存在于萬維網上的公共領域數據庫(例如GenBank或者SwissProWorldWideWebsite)進行便捷的通信。因此,在本發明的特定實施方式中,用戶可以使用由網絡瀏覽器和網絡服務器提供的HTML界面直接訪問存在于網絡數據庫上的數據(例如通過超文本鏈接)。

比較模塊提供計算機可讀取的比較結果,該結果可按照預定義的標準或者由用戶定義的標準以計算機可讀形式加以處理,以提供部分基于比較結果的內容,該內容可遵照用戶的請求使用輸出模塊進行存儲和輸出。

基于比較結果的內容可以是與抗CDT抗體的水平相比較的抗黏著斑蛋白抗體的水平。

在本發明的多個實施方式中,基于比較結果的內容顯示在計算機顯示器上。在本發明的多個實施方式中,基于比較結果的內容通過可打印介質顯示。顯示模塊可以是任何合適的裝置,該裝置被配置用于從計算機接收并將計算機可讀信息顯示給用戶。非限制性實例包括:例如基于如下的通用目的計算機,諸如IntelPENTIUM類型處理器、MotorolaPowerPC、SunUltraSPARC、Hewlett-PackardPA-RISC處理器、可以從AdvancedMicroDevices(AMD)ofSunnyvale,California獲得的多種處理器中的任何一種、或者任何其它類型的處理器;視覺顯示裝置諸如平板顯示器、陰極射線管等;以及多種類型的計算機打印機。

在一個實施方式中,使用萬維網瀏覽器提供用于顯示基于比較結果的內容的用戶界面。應該理解本發明的其它模塊可以被改造成具有網絡瀏覽器界面。通過網絡瀏覽器,用戶可以構建用于從比較模塊獲取數據的請求。因此,用戶通常指向并點擊圖形用戶界面中常規采用的用戶界面元素(諸如按鈕、下拉菜單、滾動條等)。

生物樣本

生物樣本的實例包括但不局限于體液、全血、血漿、糞便、腸液或抽吸物、及胃液或抽吸物、血清、腦脊液(CSF)、尿液、汗液、唾液、淚液、肺分泌物、乳腺抽吸物、前列腺液、精液、宮頸刮取物、羊水、眼內液、黏液及呼吸中的水分。在所述方法或系統的具體實施方式中,生物樣本可以為全血、血漿、血清、糞便、腸液或抽吸物或者胃液或抽吸物。在一些實施方式中,生物樣本是全血。在一些實施方式中,生物樣本是血清。在一些實施方式中,生物樣本是血漿。

抗黏著斑蛋白抗體

在多個實施方式中,這些方法、測定試劑盒或系統中檢測的抗黏著斑蛋白抗體是特異性地結合至黏著斑蛋白的抗體。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體是如下抗體,所述抗體特異性地結合至5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽,所述肽與黏著斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在另一實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與黏著斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在另一實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體特異性地結合至如下多肽,所述多肽包含黏著斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基,或者所述多肽由黏著斑蛋白的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基組成。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體是特異性地結合至SEQIDNO:7的抗體。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體是如下抗體,所述抗體特異性地結合至5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽,所述肽與SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在另一實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在另一實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體特異性地結合至如下多肽,所述多肽包含SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基,或者所述多肽由SEQIDNO:7的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基組成。

黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的連續殘基包括起始于黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的任何氨基酸并且終止于黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的任何氨基酸的連續殘基。

黏著斑蛋白的蛋白質序列(SEQIDNO:7):

MPVFHTRTIESILEPVAQQISHLVIMHEEGEVDGKAIPDLTAPVAAVQAAVSNLVRVGKETVQTTEDQILKRDMPPAFIKVENACTKLVQAAQMLQSDPYSVPARDYLIDGSRGILSGTSDLLLTFDEAEVRKIIRVCKGILEYLTVAEVVETMEDLVTYTKNLGPGMTKMAKMIDERQQELTHQEHRVMLVNSMNTVKELLPVLISAMKIFVTTKNSKNQGIEEALKNRNFTVEKMSAEINEIIRVLQLTSWDEDAWASKDTEAMKRALASIDSKLNQAKGWLRDPSASPGDAGEQAIRQILDEAGKVGELCAGKERREILGTCKMLGQMTDQVADLRARGQGSSPVAMQKAQQVSQGLDVLTAKVENAARKLEAMTNSKQSIAKKIDAAQNWLADPNGGPEGEEQIRGALAEARKIAELCDDPKERDDILRSLGEISALTSKLADLRRQGKGDSPEARALAKQVATALQNLQTKTNRAVANSRPAKAAVHLEGKIEQAQRWIDNPTVDDRGVGQAAIRGLVAEGHRLANVMMGPYRQDLLAKCDRVDQLTAQLADLAARGEGESPQARALASQLQDSLKDLKARMQEAMTQEVSDVFSDTTTPIKLLAVAATAPPDAPNREEVFDERAANFENHSGKLGATAEKAAAVGTANKSTVEGIQASVKTARELTPQVVSAARILLRNPGNQAAYEHFETMKNQWIDNVEKMTGLVDEAIDTKSLLDASEEAIKKDLDKCKVAMANIQPQMLVAGATSIARRANRILLVAKREVENSEDPKFREAVKAASDELSKTISPMVMDAKAVAGNISDPGLQKSFLDSGYRILGAVAKVREAFQPQEPDFPPPPPDLEQLRLTDELAPPKPPLPEGEVPPPRPPPPEEKDEEFPEQKAGEVINQPMMMAARQLHDEARKWSSKGNDIIAAAKRMALLMAEMSRLVRGGSGTKRALIQCAKDIAKASDEVTRLAKEVAKQCTDKRIRTNLLQVCERIPTISTQLKILSTVKATMLGRTNISDEESEQATEMLVHNAQNLMQSVKETVREAEAASIKIRTDAGFTLRWVRKTPWYQ

抗CDT抗體

在多個實施方式中,抗CDT抗體是特異性地結合至CDT的抗體。CDT的氨基酸序列是本領域已知的。

在一個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至CDT的受體結合結構域上的表位。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至CDT的CdtA亞基。在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至CDT的CdtB亞基。在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至CDT的CdtC亞基。

CdtB的氨基酸序列的實例是空腸彎曲桿菌細胞致死性膨脹毒素B,具有氨基酸序列SEQIDNO:5。

SEQIDNO:5(空腸彎曲桿菌的CdtB):

MKKIICLFLSFNLAFANLENFNVGTWNLQGSSAATESKWSVSVRQLVSGANPLDILMIQEAGTLPRTATPTGRHVQQGGTPIDEYEWNLGTLSRPDRVFIYYSRVDVGANRVNLAIVSRMQAEEVIVLPPPTTVSRPIIGIRNGNDAFFNIHALANGGTDVGAIITAVDAHFANMPQVNWMIAGDFNRDPSTITSTVDRELANRIRVVFPTSATQASGGTLDYAITGNSNRQQTYTPPLLAAILMLASLRSHIVSDHFPVNFRKF

CdtB的氨基酸序列的另一實例是大腸彎曲桿菌細胞致死性膨脹毒素B,具有氨基酸序列SEQIDNO:1和核酸序列SEQIDNO:2。

SEQIDNO:1(大腸彎曲桿菌的CdtB的氨基酸序列):

MKKIVFLILSFNVLFAALENYNTGTWNLQGSSAATESKWNVSIRQLITGANPMDVLAVQEAGVLPSTAMMTPRQVQPVGVGIPIHEYIWNLGSVSRPSSVYIYYSRVDVGANRVNLAIVSRVQADEVFVLPPPTVASRPIIGIRIGNDAFFNIHALASGGNDAGAIVAAVDMFFRNRPDINWMILGDFNRESGALVTLLDPDLRARTRVVVPPSSTQTSGRTIDYAITGNSNTAALYNPPPIVAILALEGLRTFLASDHFPVNFRRP

SEQIDNO:2(大腸彎曲桿菌的CdtB的核酸序列):

因此,在一個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至SEQIDNO:5(空腸彎曲桿菌的CdtB)。在多個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至如下氨基酸序列,所述氨基酸序列與SEQIDNO:5具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至SEQIDNO:1(大腸彎曲桿菌的CdtB)。在多個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至如下氨基酸序列,所述氨基酸序列與SEQIDNO:1具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%的一致性。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至CdtB的17個殘基的肽(例如,SEQIDNO:1或SEQIDNO:5的17個殘基)。在一個實施方式中,17個殘基的肽具有如下序列:LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQIDNO:3)。

在其它實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至17個殘基的肽,所述肽與CdtB的17個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性(例如,SEQIDNO:1或SEQIDNO:5的17個連續殘基)。在一個實施方式中,CdtB的17個殘基具有如下序列:LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQIDNO:3)。

在其它實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至包含17個殘基的多肽,所述多肽與CdtB的17個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性(例如,SEQIDNO:1或SEQIDNO:5的17個殘基)。在一個實施方式中,所述的CdtB的17個連續殘基具有如下序列:LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQIDNO:3)。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至具有如下序列的18個殘基的肽:CLDYAITGNSNRQQTYTP(SEQIDNO:4)。為了綴合的目的,將處于N-末端的半胱氨酸添加到SEQIDNO:3。

在其它實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至包含18個殘基的多肽,所述多肽與CLDYAITGNSNRQQTYTP(SEQIDNO:4)具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽,所述肽與CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性(例如,SEQIDNO:1或SEQIDNO:5的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基)。在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與CdtB的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性(例如,SEQIDNO:1或SEQIDNO:5的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基)。SEQIDNO:1的連續殘基包括起始于SEQIDNO:1的任何氨基酸并終止于SEQIDNO:1的任何氨基酸的連續殘基。SEQIDNO:5的連續殘基包括起始于SEQIDNO:5的任何氨基酸并終止于SEQIDNO:5的任何氨基酸的連續殘基。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17個殘基的肽,所述肽與LDYAITGNSNRQQTYTP(SEQIDNO:3)的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性(例如,SEQIDNO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17個連續殘基)。在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17個殘基的多肽,所述多肽與SEQIDNO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性(例如,SEQIDNO:3的5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16或17個連續殘基)。SEQIDNO:3的連續殘基包括起始于SEQIDNO:3的任何氨基酸并終止于SEQIDNO:3的任何氨基酸的連續殘基。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至由CdtB的基因序列編碼的17個殘基的肽。在特定的實施方式中,純化的抗體特異性地結合至由SEQIDNO:2編碼的17個殘基的肽。在多個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至由SEQIDNO:2編碼的14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽。在多個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的肽,所述肽與由SEQIDNO:2編碼的14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。在多個實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至包含14、15、16、17、18、19、20、21或22個殘基的多肽,所述多肽與由SEQIDNO:2編碼的14、15、16、17、18、19、20、21或22個連續殘基具有至少80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的同源性。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至由具有如下序列的核酸序列編碼的肽,所述核酸序列編碼SEQIDNO:3的17個氨基酸的肽:CTTGATTATGCAATTACAGGAAATTCAAATAGACAACAAACCTATACTCCA(SEQIDNO:6)。在另一實施方案中,抗CDT抗體特異性地結合至包含由SEQIDNO:6編碼的肽的多肽。

在另一實施方式中,抗CDT抗體特異性地結合至從過表達近全長CdtBORF的大腸桿菌(E.coli)純化的CdtB。(參見InfectionandImmunity,2000年12月,第68卷,12期,6535-6541頁,以引用的方式整體并入本文,如同全文引用)。

測定試劑盒

在本文描述的方法和系統的多個實施方式中,所述測定方法是酶聯免疫吸附測定方法(ELISA),包括但不限于間接ELISA、夾心ELISA、競爭ELISA、多功能便攜式ELISA(multipleandportableELISA)。

在本文描述的方法和系統的多個實施方式中,所述測定試劑盒是用于檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平的測定試劑盒。所述測定試劑盒可包含:第一試劑(例如,抗原),當生物樣本包含抗黏著斑蛋白抗體時,所述第一試劑與生物樣本反應(如果抗黏著斑蛋白抗體不存在,則第一試劑將不與生物樣本反應,但第一試劑仍然存在于所述測定試劑盒中);第二試劑(例如二抗),所述第二試劑與抗黏著斑蛋白抗體反應或與第一試劑反應;以及底物(例如,與第二試劑反應并產生信號)。在多個實施方式中,第一試劑是如本文所討論的黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段。在多個實施方式中,第二試劑包含標記,所述標記產生指示抗黏著斑蛋白抗體的存在的信號。在多個實施方式中,標記是放射性標記、發色團、熒光團、量子點、酶、辣根過氧化物酶(HRP)、堿性磷酸酶(AP)、生物素、或它們的組合。在多個實施方式中,標記是與底物反應的酶。在多個實施方式中,第一試劑處于固相(例如,培養板、多孔板)上。在多個實施方式中,底物是發色底物(例如,3,3’,5,5’-四甲基聯苯胺(TMB)、3,3’-二氨基聯苯胺(DAB)、2,2’-聯氮-雙(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)(ABTS)。在多個實施方式中,底物是化學發光底物(例如,ECL)。

在多個實施方式中,所述測定試劑盒包含與抗黏著斑蛋白抗體反應的第一試劑。在多個實施方式中,第一試劑包含標記,所述標記產生指示抗黏著斑蛋白抗體的存在的信號。在多個實施方式中,標記是放射性標記、發色團、熒光團、量子點、酶、辣根過氧化物酶(HRP)、堿性磷酸酶(AP)、生物素、或它們的組合。在多個實施方式中,第一試劑處于固相(例如,培養板、多孔板)上。在多個實施方式中,在標記需要底物以產生信號的情況下,所述測定試劑盒進一步包含與標記反應的底物;例如HRP可與底物TMB反應。

在多個實施方式中,所述測定試劑盒是用于確定抗CDT抗體的水平的測定。所述測定試劑盒可包含:第一試劑,當生物樣本包含抗CDT抗體時,所述第一試劑與生物樣本反應(如果抗CDT抗體不存在,則第一試劑將不與生物樣本反應,但第一試劑仍然存在于所述測定試劑盒中);第二試劑(例如,二抗),所述第二試劑與抗CDT抗體反應或與第一試劑反應;以及底物。在多個實施方式中,第一試劑是如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或它們的片段。在多個實施方式中,第二試劑包含標記,所述標記產生指示抗CDT抗體的存在的信號。在多個實施方式中,標記是放射性標記、發色團、熒光團、量子點、酶、辣根過氧化物酶(HRP)、堿性磷酸酶(AP)、生物素、或它們的組合。在多個實施方式中,標記是與底物反應的酶。在多個實施方式中,第一試劑處于固相(例如,培養板、多孔板)上。在多個實施方式中,底物是發色底物(例如,3,3’,5,5’-四甲基聯苯胺(TMB)、3,3’-二氨基聯苯胺(DAB)、2,2’-聯氮-雙(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)(ABTS)。在多個實施方式中,底物是化學發光底物(例如,ECL)。

在多個實施方式中,所述測定試劑盒包括與抗CDT抗體反應的第一試劑。在多個實施方式中,第一試劑包含標記,所述標記產生指示抗CDT抗體的存在的信號。在多個實施方式中,標記是放射性標記、發色團、熒光團、量子點、酶、辣根過氧化物酶(HRP)、堿性磷酸酶(AP)、生物素、或它們的組合。在多個實施方式中,所述試劑處于固相(例如,培養板、多孔板)上。在多個實施方式中,在標記需要底物以產生信號的情況下,所述測定試劑盒進一步包含與標記反應的底物;例如HRP可與底物TMB反應。

在多個實施方式中,所述測定試劑盒是用于確定抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平的測定試劑盒。所述測定試劑盒可包含:第一試劑和第二試劑,當生物樣本包含抗黏著斑蛋白抗體和/或抗CDT抗體時,所述第一試劑和第二試劑與生物樣本反應(如果抗黏著斑蛋白抗體不存在,則第一試劑將不與生物樣本反應,但是第一試劑仍然存在于所述測定試劑盒中;或者如果抗CDT抗體不存在,則第二試劑將不與生物樣本反應,但是第二試劑仍然存在于所述測定試劑盒中);第三試劑和第四試劑(例如二抗),所述第三試劑和第四試劑與抗黏著斑蛋白抗體、抗CDT抗體反應;或者所述第三試劑與第一試劑反應且所述第四試劑與第二試劑反應;以及底物。在多個實施方式中,第一試劑是黏著斑蛋白或其片段。在多個實施方式中,第二試劑是CDT或其片段。在多個實施方式中,第三試劑和/或第四試劑包含標記,所述標記產生指示抗黏著斑蛋白抗體和/或抗CDT抗體的存在的信號。在多個實施方式中,標記是放射性標記、發色團、熒光團、量子點、酶、辣根過氧化物酶(HRP)、堿性磷酸酶(AP)、生物素、或它們的組合。在多個實施方式中,標記是與底物反應的酶。在多個實施方式中,第一試劑處于固相(例如,培養板、多孔板)上。在多個實施方式中,底物是發色底物(例如,3,3’,5,5’-四甲基聯苯胺(TMB)、3,3’-二氨基聯苯胺(DAB)、2,2’-聯氮-雙(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)(ABTS)。在多個實施方式中,底物是化學發光底物(例如,ECL)。

在多個實施方式中,所述測定試劑盒包含與抗黏著斑蛋白抗體反應的第一試劑以及與抗CDT抗體反應的第二試劑。在多個實施方式中,第一試劑和/或第二試劑包含標記,所述標記產生指示抗黏著斑蛋白抗體和/或抗CDT抗體的存在的信號。在多個實施方式中,標記是放射性標記、發色團、熒光團、量子點、酶、辣根過氧化物酶(HRP)、堿性磷酸酶(AP)、生物素、或它們的組合。在多個實施方式中,所述試劑處于固相(例如,培養板、多孔板)上。在多個實施方式中,在標記需要底物以產生信號的情況下,所述測定試劑盒進一步包含與標記反應的底物;例如HRP可與底物TMB反應。

在多個實施方式中,針對從受試者獲得的生物樣本檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平或抗CDT抗體的水平。在另一實施方式中,針對從受試者獲得的血液、血清或糞便樣本檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平或抗CDT抗體的水平。本領域普通技術人員將容易地意識到可用來檢測抗黏著斑蛋白抗體的水平或抗CDT抗體的水平的方法和系統。這些方法和系統包括但不限于ELISA、免疫組織化學、流式細胞術、熒光原位雜交(FISH)、放射免疫測定方法以及親和純化。

在多個實施方式中,將黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或它們的片段(如上面所描述)用作與抗黏著斑蛋白抗體(如果存在)結合的試劑(例如,捕收劑(collector)、捕獲劑(trap))。

在一些實施方式中,可以通過使黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段與從受試者獲得的生物樣本接觸,檢測與黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段特異性地結合的抗體的水平,從而分離出特異性地結合至黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段的抗體。

在多個實施方式中,黏著斑蛋白或SEQIDNO:7的片段可以是如本文描述的片段。作為實例,可使包含黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段的親和基質結合至固體支持物;可使生物樣本與親和基質接觸,從而產生親和基質-抗體復合物(如果所述抗體存在);可從剩下的生物樣本中分離出親和基質-抗體復合物;以及可使所述抗體從親和基質中釋放出來。在另一實例中,可將標記(例如,熒光標記)置于黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段上;可使標記的黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段與生物樣本接觸,從而允許抗體(如果存在)特異性地結合至標記的黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段。在多個實施方式中,可以將標記的黏著斑蛋白、SEQIDNO:7或其片段分離出來并針對其與所述抗體的結合進行分析。

在多個實施方式中,如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段用作與抗CDT抗體(如果存在)結合的試劑(例如,捕收劑、捕獲劑)。

在一些實施方式中,可以通過使如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段與從受試者獲得的生物樣本接觸,檢測特異性地結合至如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段的抗體或者其片段的水平,從而分離出特異性地結合至如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段的抗體。

在多個實施方式中,CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5的片段是如本文所描述的片段。作為實例,可使包含如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段的親和基質結合至固體支持物;可使生物樣本與親和基質接觸,從而產生親和基質-抗體復合物(如果抗體存在);可從剩下的生物樣本中分離出親和基質-抗體復合物;以及可使抗體從親和基質中釋放出來。在另一實例中,將標記(例如熒光標記)置于如本文所討論的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段或者它們的片段上;可使如本文所討論的標記的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段與生物樣本接觸,從而允許所述抗體(如果存在)特異性地結合至如本文所討論的標記的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段。在多個實施方式中,可將如本文所討論的標記的CDT、CdtA、CdtB、CdtC、SEQIDNO:1、SEQIDNO:2、SEQIDNO:4、SEQIDNO:5或其片段分離出來并針對其與所述抗體的結合進行分析。

在多個實施方式中,所述測定方法包括將如本文所討論的黏著斑蛋白或其片段及如本文所討論的CdtB或其片段添加至來自期望進行關于IBS的確定的受試者的生物樣本,其中,抗黏著斑蛋白和/或抗CdtB抗體(如果存在于生物樣本中)特異性地結合至生物樣本中的黏著斑蛋白或其片段及CdtB或其片段;測量生物樣本中的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CdtB抗體的水平;以及如果抗黏著斑蛋白抗體的結合水平高于抗CdtB抗體的結合水平,則鑒定受試者患有IBS。

篩選療法

方法

本發明的多個實施方式提供了篩選IBS療法的方法,所述方法包括:提供來自期望進行關于IBS的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值;當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS;以及當確定存在IBS時,篩選IBS療法。

本發明的多個實施方式提供了篩選IBS療法的方法:提供來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值;當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS;以及當確定存在IBS時,篩選IBS療法。

如本文所述測定生物樣本。

在多個實施方式中,如果抗黏著斑蛋白抗體的水平比抗CDT抗體的水平更高1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、125%、150%、175%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%、600%、700%、800%、900%或者1000%或更多,則確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體的水平大于抗CDT抗體的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的百分率可以如本文所描述。在一些實施方式中,可以通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的百分率。

在一些實施方式中,利用光密度(OD)測量抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平。因而,當抗黏著斑蛋白抗體的OD(ODV)與抗CDT抗體的OD(ODCDT)之間的差值大于0時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6時,確定受試者患有IBS。在一些實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.2時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,ODV-ODCDT的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值可以如本文所描述。在一些實施方式中,可通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值。

如本文使用的篩選療法包括但不限于針對所述治療對受試者進行篩選、選擇、開處方、建議、推薦、指導或咨詢。

在多個實施方式中,所述方法進一步包括給予用于治療IBS的療法。

在多個實施方式中,所篩選或給予的療法是如本文所描述的療法。在多個實施方式中,所篩選或給予的療法是在做出本發明時可用的療法。在多個實施方式中,可用的療法包括給予一個療程的抗生素療法來治療IBS。在多個實施方式中,所述療法是現有技術中的可用的IBS療法。在多個實施方式中,可用的療法是用于IBS的實驗性療法,例如,正在接受FDA審核的用于IBS的治療的療法。

在多個實施方式中,可如本文所述測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平。

在多個實施方式中,受試者可以為出現一種或多種IBS癥狀(例如便秘、腹瀉、腹脹、腹痛)的受試者。

在多個實施方式中,IBS可以為C-IBS、D-IBS、A-IBS(也稱為M-IBS)。在多個實施方式中,IBS是嚴重的IBS。在多個實施方式中,IBS是嚴重的C-IBS、嚴重的D-IBS或嚴重的A-IBS。

在多個實施方式中,抗CDT抗體是抗CdtB抗體。

抗生素的實例包括但不限于:氨基糖苷類(例如,阿米卡星、慶大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、鏈霉素、妥布霉素、巴龍霉素(paromomycin));安莎霉素類(例如,格爾德霉素、除莠霉素);碳頭孢烯類(例如,氯碳頭孢);碳青霉烯類(例如,厄他培南、多尼培南、亞胺培南、西司他丁、美羅培南);頭孢菌素類(例如,第一代:頭孢羥氨芐、頭孢唑林、頭孢噻吩(cefalotin或cefalothin)、頭孢氨芐;第二代:頭孢克洛、頭孢孟多、頭孢西丁、頭孢丙烯、頭孢呋辛;第三代:頭孢克肟、頭孢地尼、頭孢托侖、頭孢哌酮、頭孢噻肟、頭孢泊肟、頭孢他啶、頭孢布烯、頭孢唑肟、頭孢曲松;第四代:頭孢吡肟;第五代:頭孢吡普);糖肽類(例如,替考拉寧、萬古霉素);大環內酯類(例如,阿奇霉素、克拉霉素、地紅霉素、紅霉素、羅紅霉素、醋竹桃霉素、泰利霉素、壯觀霉素);單酰胺菌素類(例如,氨曲南);青霉素類(例如,阿莫西林、氨芐青霉素、阿洛西林、羧芐青霉素、氯唑西林、雙氯西林、氟氯西林、美洛西林、甲氧西林、萘夫西林、苯唑西林、盤尼西林、哌拉西林、替卡西林);抗生素多肽類(例如,桿菌肽、粘菌素、多粘菌素b);喹諾酮類(例如,環丙沙星、依諾沙星、加替沙星、左氧氟沙星、洛美沙星、莫西沙星、諾氟沙星、氧氟沙星、曲伐沙星);利福霉素類(例如,利福平(rifampicin或rifampin)、利福布汀、利福噴汀、利福昔明);磺胺類(例如,磺胺米隆、百浪多息、磺胺醋酰、磺胺甲二唑、磺胺、柳氮磺吡啶、磺胺異噁唑、甲氧芐啶、甲氧芐啶-磺胺甲噁唑(復方新諾明,“tmp-smx”);及四環素類(例如,地美環素、強力霉素、米諾環素、土霉素、四環素)以及胂凡納明、氯霉素、克林霉素、林可霉素、乙胺丁醇、磷霉素、夫西地酸、呋喃唑酮、異煙肼、利奈唑胺、甲硝噠唑、莫匹羅星、硝基呋喃妥因、平板霉素、吡嗪酰胺、奎奴普丁/達福普汀組合、及替硝唑、或它們的組合。在多個實施方式中,抗生素是利福昔明和新霉素的組合。在多個實施方式中,抗生素是利福昔明和強力霉素的組合。在多個實施方式中,抗生素是利福昔明和甲硝噠唑的組合。

在多個實施方式中,抗生素是不可吸收性抗生素。不可吸收性抗生素的實例包括但不限于利福昔明、新霉素、桿菌肽、萬古霉素、替考拉寧、雷莫拉寧和巴龍霉素(paramomycin)。

另外的IBS療法的實例包括纖維補充劑(例如,METAMUCIL、CITRUCEL)、滲透性通便劑(例如,鎂乳、聚乙二醇)、抗腹瀉藥物(例如,洛哌丁胺(IMODIUM))、膽酸結合劑(例如,考來烯胺(PREVALITE)、考來替泊(COLESTID)或考來維侖(WELCHOL))、抗膽堿能和解痙的藥物(例如,莨菪堿(LEVSIN)和雙環胺(BENTYL))、抗抑郁藥(例如,三環類抗抑郁藥(例如,丙咪嗪(TOFRANIL)或去甲替林(PAMELOR))或選擇性血清素再吸收抑制劑(SSRI)(例如,氟西汀(PROZAC、SARAFEM)或帕羅西汀(PAXIL))、阿洛司瓊(LOTRONEX)和魯比前列酮(AMITIZA)。治療便秘性IBS的最新療法包括促分泌素,諸如魯比前列酮(氯離子通道活化劑(AMITIZA))和利那洛肽(鳥苷酸環化酶C激動劑(LINZESS))。

生物樣本和抗原的稀釋

在多個實施方式中,當確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,如本文描述的黏著斑蛋白或其片段以約1.2μg/ml濃度用作抗原。在其它實施方式中,所述濃度可以為約0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9或2.0μg/ml的濃度。

在多個實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:16稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:8、1:9、1:10、1:11、1:12、1:13、1:14、1:15、1:16、1:17、1:18、1:19、1:20、1:22、1:24、1:26、1:28、1:30、1:32、1:34、1:36、1:38、1:40、1:42、1:44、1:46或1:48稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:8至1:48稀釋液。

在多個實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:32稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:8、1:10、1:12、1:16、1:20、1:24、1:30、1:36、1:48或1:64稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:8至1:64稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗黏著斑蛋白抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:5至1:10、1:10-1:25、1:25-1:50、1:50-1:100、1:100-1:200、1:200-1:300、1:300-1:400、1:400-1:500、1:500-1:600或1:600-1:1000稀釋液。

在多個實施方式中,當確定抗CdtB抗體的存在或水平時,如本文描述的CdtB蛋白或其片段以約1.2μg/ml濃度用作抗原。在其它實施方式中,所述濃度可以為約0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9或2.0μg/ml的濃度。

在多個實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:16稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:8、1:9、1:10、1:11、1:12、1:13、1:14、1:15、1:16、1:17、1:18、1:19、1:20、1:22、1:24、1:26、1:28、1:30、1:32、1:34、1:36、1:38、1:40、1:42、1:44、1:46或1:48稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:8至1:48稀釋液。

在多個實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的1:512稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:128、1:256、1:768或1:1024稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:100、1:150、1:200、1:250、1:300、1:350、1:400、1:500、1:550、1:600、1:650、1:700、1:750、1:800、1:850、1:900、1:950或1:1000稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:100-1:1000稀釋液。在其它實施方式中,在確定抗CdtB抗體的存在或水平時,使用生物樣本(例如血漿、血清)的約1:5至1:10、1:10-1:25、1:25-1:50、1:50-1:100、1:100-1:200、1:200-1:300、1:300-1:400、1:400-1:500、1:500-1:600或1:600-1:1000稀釋液。

在多個實施方式中,如果用于確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CdtB抗體的水平的生物樣本的稀釋度不同并且使用OD,那么將對OD方面的差值進行校正。

治療

多個實施方式提供了用于治療IBS的方法。

在多個實施方式中,所述方法可包括測量在從受試者獲得的生物樣本中大于抗CDT抗體存在的抗黏著斑蛋白抗體的存在;以及向受試者給予IBS療法。

在多個實施方式中,所述方法可包括:提供來自期望進行關于IBS的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值;當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS;以及當確定存在IBS時,給予IBS療法。

在多個實施方式中,所述方法可包括:提供來自期望進行用于區分IBS與IBD的診斷的受試者的生物樣本;測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平;確定抗黏著斑蛋白抗體的水平與抗CDT抗體的水平之間的差值;當抗黏著斑蛋白抗體的水平高于抗CDT抗體的水平時,確定存在IBS;以及當確定存在IBS時,給予IBS療法。

可如本文所述測定生物樣本。

在多個實施方式中,如果抗黏著斑蛋白抗體的水平比抗CDT抗體的水平更高1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、15%、20%、25%、30%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、125%、150%、175%、200%、250%、300%、350%、400%、450%、500%、600%、700%、800%、900%或者1000%或更多,則確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體的水平大于抗CDT抗體的水平的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的百分率可以如本文所描述。在一些實施方式中,可以通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的百分率。

在一些實施方式中,利用光密度(OD)測量抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平。因而,當抗黏著斑蛋白抗體的OD(ODV)與抗CDT抗體的OD(ODCDT)之間的差值大于0時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.1、0.2、0.3、0.4、0.5或0.6時,確定受試者患有IBS。在一些實施方式中,當ODV-ODCDT大于0.2時,確定受試者患有IBS。在多個實施方式中,ODV-ODCDT的程度提供了有關IBS存在的陽性預測值。與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值可以如本文所描述。在一些實施方式中,可通過檢查另外的IBS患者與對照或者另外的IBS患者與IBD患者的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平,計算與陽性預測值有關的ODV-ODCDT值。

在多個實施方式中,所給予的療法是如本文所描述的療法。在多個實施方式中,所給予的療法是在做出本發明時可用的療法。在多個實施方式中,可用的療法包括給予一個療程的抗生素療法來治療IBS。在多個實施方式中,所述療法是現有技術中的可用的療法。

在多個實施方式中,可如本發明的方法或系統所述測定生物樣本的抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDT抗體的水平。

在多個實施方式中,受試者可以為出現一種或多種IBS癥狀(例如便秘、腹瀉、腹脹、腹痛)的受試者。

在多個實施方式中,IBS可以為C-IBS、D-IBS、A-IBS(也稱為M-IBS)。在多個實施方式中,IBS是嚴重的IBS。在多個實施方式中,IBS是嚴重的C-IBS、嚴重的D-IBS或嚴重的A-IBS。

在多個實施方式中,抗CDT抗體是抗CdtB抗體。

在多個實施方式中,所述方法可包括:提供抗黏著斑蛋白抗體中和劑或抑制劑,以及向有需要的受試者給予抗黏著斑蛋白抗體中和劑或抑制劑以中和或抑制抗黏著斑蛋白抗體。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體中和劑或抑制劑是能夠結合至抗黏著斑蛋白抗體并且中和或抑制該抗體的功能的多肽。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體中和劑或抑制劑是能夠結合至抗黏著斑蛋白抗體的抗原結合位點的多肽。雖然不希望受任何特定理論的束縛,本發明人認為這些多肽可以充當抗黏著斑蛋白抗體的誘餌。在多個實施方式中,多肽是Lucchese和Delfino(Developingananti-Campylobacterjejunivaccine.ImmunopharmacologyandImmunotoxicology,2012;EarlyOnline:1-6)公開的CDT五肽,以引用的方式將其整體并入,如同全文引用。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體中和劑或抑制劑是能夠結合至抗黏著斑蛋白抗體并且中和或抑制該抗體的功能的小分子。

在多個實施方式中,抗黏著斑蛋白抗體中和劑或抑制劑是能夠結合至抗黏著斑蛋白抗體的抗原結合位點的小分子。

在多個實施方式中,所述方法可包括:提供使黏著斑蛋白從失活狀態變成活化狀態的藥劑(agent);以及向有需要的受試者給予所述藥劑以治療IBS。

在多個實施方式中,使黏著斑蛋白從失活狀態變成活化狀態的藥劑是能夠活化黏著斑蛋白的小分子。

在多個實施方式中,所述方法可包括:提供黏著斑蛋白激動劑;以及向有需要的受試者給予黏著斑蛋白激動劑以治療IBS。在一些實施方式中,黏著斑蛋白激動劑可以是如Nelson等,VinculinActivatorsTargetIntegrinsfromWithintheCelltoIncreaseMelanomaSensitivitytoChemotherapy,MOLCANCERRESJUNE20119;712(2011年4月1日在線發表)中公開的黏著斑蛋白活化肽(VAP),以引用的方式將其整體并入,如同全文引用。在多個實施方式中,VAP可以是志賀氏桿菌(Shigella)的侵襲素蛋白IpaA的500-633位殘基。

志賀氏桿菌的IpaA的蛋白質序列:

在多個實施方式中,所述方法可包括:提供黏著斑蛋白活化劑;以及向有需要的受試者給予黏著斑蛋白活化劑以治療IBS。在一些實施方式中,黏著斑蛋白活化劑可以為踝蛋白、f-肌動蛋白、a-連環蛋白、或它們的組合。

在多個實施方式中,本發明提供了包含藥學上可接受的賦形劑及治療有效量的本文所描述的藥劑的藥物組合物。“藥學上可接受的賦形劑”意指制備藥物組合物時使用的賦形劑,其一般是安全、無毒且是合乎需要的,并且包括對于獸藥用途及人藥用途而言可接受的賦形劑。此類賦形劑可以是固體、液體、半固體、或者在氣溶膠組合物的情況下為氣體。

在多個實施方式中,根據本發明的藥物組合物可以被配制成用于經由任何給予途徑遞送。“給予途徑”可以是指本領域中已知的任何給予路徑,包括但不限于:氣溶膠、鼻部、口部、經黏膜、透皮或腸胃外給予。“透皮”給予可以使用局部霜劑或軟膏劑或者借助于透皮貼劑來實現。經由局部途徑,可將基于根據本發明的化合物的藥組合物配制成用于治療皮膚和黏膜,并且處于軟膏劑、霜劑、乳劑、油膏劑、粉劑、浸漬襯墊(impregnatedpad)、溶液劑、凝膠劑、噴霧劑、洗劑或混懸劑的形式。它們也可以處于允許受控釋放的水凝膠及微球或納米球或脂質囊泡或聚合物囊泡或聚合物貼劑的形式。這些局部途徑組合物可以是無水形式或含水形式,這取決于臨床適應癥。“腸胃外”是指一般與注射相關的給予途徑,包括眼眶內、輸注、動脈內、囊內、心內、皮內、肌肉內、腹膜內、肺內、脊柱內、胸骨內、鞘內、子宮內、靜脈內、蛛網膜下、囊下、皮下、經黏膜或經氣管。經由腸胃外途徑,所述組合物可以處于用于輸注或用于注射的溶液劑或混懸劑形式、或者為凍干粉劑的形式。經由腸內途徑,藥物組合物可以處于允許受控釋放的聚合物囊泡或微球或納米球或脂質囊泡、片劑、凝膠膠囊劑、糖衣片劑、糖漿劑、混懸劑、溶液劑、粉劑、顆粒劑、乳化劑的形式。經由腸胃外途徑,所述組合物可以處于用于輸注或用于注射的溶液劑或混懸劑的形式。

根據本發明的藥物組合物還可以含有任何藥學上可接受的載體。如本文所使用的“藥學上可接受的載體”是指參與將感興趣的化合物從身體的一種組織、器官或部位攜載或轉運到身體的另一組織、器官或部位的藥學上可接受的材料、組合物或媒介物。例如,載體可以是液體或固體填充劑、稀釋劑、賦形劑、溶劑、或包封材料或者它們的組合。載體的每種組分均必須是“藥學上可接受的”,因為所述組分必須與制劑的其它成分相容。載體還必須可適合于用來接觸可能接觸的任何組織或器官,意味著載體一定不能有攜帶毒性、刺激性、過敏反應、免疫原性或過度超過其治療益處的任何其它并發癥的風險。

根據本發明的藥物組合物也可以制成膠囊、制成片劑或者制成乳化劑或糖漿用于口服給予。可以添加藥學上可接受的固體或液體載體以增強或穩定組合物、或者以方便組合物的制備。液體載體包括糖漿、花生油、橄欖油、甘油、鹽水、醇類和水。固體載體包括淀粉、乳糖、硫酸鈣、二水合物、石膏粉、硬脂酸鎂或硬脂酸、滑石、果膠、阿拉伯膠、瓊脂或明膠。載體還可以包括緩釋材料諸如單獨或與蠟一起的單硬脂酸甘油酯或二硬脂酸甘油酯。

所述藥物制劑按照常規制藥技術制備,對于片劑形式(在必要時),所述常規制藥技術涉及碾磨、混合、造粒和壓制;或者對于硬明膠膠囊形式,涉及碾磨、混合和灌裝。當使用液體載體時,所述制劑將處于糖漿、酏劑、乳化劑或者含水或無水混懸劑的形式。此種液體制劑可以直接口服(p.o.)給予或者灌裝到軟明膠膠囊中。

根據本發明的藥物組合物可以以治療有效量遞送。確切的治療有效量是將在給定的受試者中就治療功效而言產生最有效結果的組合物的量。這個量將取決于多種因素而改變,所述因素包括但不限于:治療化合物的特性(包括活性、藥物動力學、藥效動力學和生物利用度)、受試者的生理狀況(包括年齡、性別、疾病類型和階段、一般健康狀況、對給定劑量的反應及藥物類型)、制劑中的藥學上可接受的載體的性質以及給予途徑。臨床和藥理學領域技術人員將能夠通過常規實驗(例如,通過監測受試者對給予化合物的反應并相應地調整劑量)來確定治療有效量。另外的指導參見Remington:TheScienceandPracticeofPharmacy(Gennaro著,第20版,Williams&WilkinsPA,USA)(2000)。

實施例

提供以下實施例是為了更好地說明要求保護的本發明,而不應解釋為限制本發明的范圍。當提到特定的材料時,只是為了說明的目的,而并不旨在限制本發明。本領域技術人員可以開發出等效方式或反應物,而無需創造力且不背離本發明的范圍。

實施例1–抗黏著斑蛋白和抗CDTB抗體的測量

步驟1–抗原固定:在4℃下于加濕箱中,用100μl/孔的1.2μg/ml處于pH約為8.2的BBS中的抗原(黏著斑蛋白或CdtB)將各96孔板包被過夜(>16小時)。另外的孔用各樣本并用單獨的BBS包被,以確定歸因于血清的非特異性背景,將該背景從抗原包被的孔中扣除

步驟2–1#洗滌用約250μl/孔的0.05%PBS-T將孔洗滌3次

步驟3–封閉在室溫下于加濕箱中,用200μl/孔的處于PBS中的3%BSA將孔封閉1小時

步驟4–制備血清及分配使用處于PBS中的3%BSA將血清稀釋成1:16稀釋液。加入100μl/孔的血清。在室溫下于加濕箱中孵育1小時。

步驟5–2#洗滌用約250μl/孔的0.05%PBS-T將孔洗滌3次

步驟6–制備第二溶液及分配加入100μl/孔的綴合至HRP的以處于PBS中的3%BSA稀釋的1:10,000的二抗。在室溫下于加濕箱中孵育1小時。

步驟7–3#洗滌用約250μl/孔的0.05%PBS-T將孔洗滌6次

步驟8–檢測加入100μl/孔的TMB底物溶液(1-StepUltraTMB-ELISASubstrate,Pierce,34028)。使用吸光度方案于370nm處在酶標儀(BioTekSynergyHT)上即時讀板;并且允許平板顯色90分鐘(測定在60分鐘左右達到平臺期)。

實施例2

從以下受試者采集血液樣本,并分析抗黏著斑蛋白抗體的水平和抗CDTB抗體的水平。健康受試者:在填完調查表后被發現沒有腸道癥狀的連續26位受試者。IBD受試者:30位受試者(15CD和15UC)。未接受免疫調節劑療法的經內窺鏡證實的活躍的IBD。IBS受試者:162位受試者(100位來自BethIsrael,62位來自Cedars-Sinai);羅馬標準(Romecriteria)陽性。結果在下表中示出。PPV=陽性預測值。

表1:ODV與ODCDTB之間的差值

當假定10%的IBD患者患有IBS時,對結果進行進一步分析以與IBD進行對照。采用在IBS中的陽性抗體率,并將其應用于該10%的IBD患者(即,將它們從分析中移出)。

表2A和2B:對IBD患者中的IBS進行的對照

表2A

表2B

在上面的詳細說明中描述了本發明的多個實施方式。雖然這些描述直接描述上面的實施方式,但是應該理解,本領域技術人員可對本文示出和描述的特定的實施方式構想出修改和/或變化。落入本發明說明書范圍內的任何此類修改或變化也意圖包括在其中。除非特別指出,否則,本發明人的意圖是說明書和權利要求書中的詞匯和短語都被賦予適用領域的普通技術人員所知曉的普通含義和慣用含義。

已經給出了本申請人在提交申請時所知道的本發明的多個實施方式的前述描述,并意在用于說明和描述的目的。本描述并不意在詳盡無遺,也并不意在將本發明限于所公開的精確形式,并且根據上述教導,許多修改和變化都是可能的。所描述的實施方式是用來解釋本發明的原理及其實際應用,并用來使本領域其他技術人員能夠按多種實施方式及適合于所考慮的特定應用的多種修改來利用本發明。因此,本發明并不意在限制至所公開的用于實施本發明的特定實施方式。

雖然已經示出和描述本發明的特定實施方式,但是對于本領域技術人員來說顯而易見的是,根據本文中的教導,在不背離本發明及其較寬泛的方面的情況下可以作出改變和修改,并且因此,所附權利要求書將在它們的范圍內涵蓋所有此類落在本發明的真正精神和范圍內的改變和修改。本領域技術人員將理解,一般而言,本文使用的術語一般意圖作為“開放的”術語(例如,術語“包括”應解釋為“包括但不限于”,術語“具有”應解釋為“具有至少”,術語“包含”應解釋為“包含但不限于”等)。

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